故事描述主人公远野志贵在八年前的意外中，获得了可直视万物之"死"的"直死之魔眼"。由于对自己的新能力的恐惧和带来的精神压迫，他在当天逃离了医院，邂逅了一个名为苍崎青子的魔法使，并在她的帮助下，魔眼的能力得以用一副眼镜封印起来。之后的八年间，志贵作为养子在远野的分家有间家度过。八年平凡的日子后，由于父亲的去世，他被成为远野家新家主的妹妹秋叶召回远野家。就在生活突然发生巨大改变之时，志贵不自觉地利用直死之魔眼杀死了一名女性，但是第二天这位女性像是什么都没发生过似的出现 在他的面前。

"杀死我的责任，你打算怎么负责呢?"纯白的吸血姬这么说着。

月姬共五条主线，分为吸血鬼篇(Arcueid线、Ciel线)，远野篇(远野秋叶线、琥珀线、翡翠线)。

完成五线剧情后，在开始菜单可以进入"月蚀"选项。