主人公御影迅是从江户时代开始就肩负国防任务忍者的子孙， 在这样世家中成长的迅还在以忍者为目标修行，目标是秘密谍报员母亲的继承人。 为了解决引起社会骚动的“蝙蝠事件”，他奉命转入冬華学園。 同搭档AIモモカ一起潜入学园后的讯，与 同学カノン・メイフィールド、 骑士白鐘神楽、 骑士团长蓮城寺舞、 以及后辈雨ノ森ゆい等人加深了关系，在不被怀疑的情况下进行着任务.。 但是，由于某个意外事件，カノン发现了迅的真实身份。 对讯来说身份暴露就意味着任务的失败，但カノン没有把迅的真实身份告诉任何人，作为条件却要求到： “请让我成为忍者！！” 迅究竟能不能顺利完成任务呢？